أنشئت جامعة أم درمان الإسلامية في الربع الأول من القرن الثالث عشر الهجري نحو سنة 1321هجرية وفي بداية القرن العشرين الميلادي نحو سنة 1901م وعلى يد قيادات العلم والفكر الإسلامي بالسودان تحت اسم المعهد العلمي وقد منح الإجازات للعلماء حتى عام 1911م في العام 1912م الموافق العام 1332هـ وضعت الجامعة في صورة حديثة وصارت تنمح الشهادة العالمية ومر اسمها بتغيرات إلى انتهت التسمية بالجامعة الإسلامية حيث كانت في بدايتها مقتصرة على الدراسات العربية والإسلامية وكان ذلك عقب ثورة أكتوبر 1964م ، ثم صدر قرار في عام 1970م بتحويلها إلى كلية الدراسات العربية والإسلامية فقط وروجع هذا القرار في عام 1972م وعادت الجامعة الإسلامية . ويتمتع أعضاء هيئة التدريس ومساعدوهم والطلاب بالجامعة بحرية الفكر والبحث العلمي في إطار القانون والدستور . قامت كلية الزراعة إثر قرار بأيلولة كلية الدراسات الزراعية بأبو نعامة للجامعة الإسلامية في عام 1991م والجدير بالذكر أن كلية أبو نعامة كانت تمنح درجة الدبلوم في العلوم الزراعية . وتم قبول أول دفعة في عام 1991م ليدرسوا أربع سنوات ثم يتخرجوا بدرجة البكالوريوس العام في الزراعة مع امتياز درجة الشرف للطلاب المتفوقين وفق لوائح الجامعة . واستمرت الدراسة بأبي نعامة (جنوب مدينة سنجة بالنيل الأزرق) حتى عام 1992م حيث صدر قرار بأيلولة مباني كلية الدراسات الزراعية بأبو نعامة لجامعة سنار الوليدة ومن ثم تحويل الدفعة التي قبلت إلى المدينة الجامعية بالفتيحاب في عام 1993م حيث حلت الكلية ضيفا على كليات الجامعة القائمة آنذاك ودرس الطلاب في قاعات كليات الشريعة وأصول الدين وكلية الطب والعلوم الصحية . وتم قبول الدفعة الأولى من الطلاب الذين درسوا بالمدينة عام 1994م . وذلك بعد انعقاد ورشة العمل الخاصة بالمناهج في المدينة الجامعية في مايو 1994م وتم اعتماد تسعة أقسام متخصصة بنظام التخصص المبكر وهو من احدث الأنظمة في الجامعات العربية . بحيث يتبع الطلاب إلى الأقسام الآتية فور قبولهم :-

1/ قسم إكثار النبات    2/ قسم إنتاج المحاصيل        3/ قسم الزراعة الصحراوية

4/ قسم اعمار المنظر الطبيعي         5/ قسم التنمية الريفية   6/ قسم إنتاج الألبان

7/ قسم إنتاج الدواجن   8/ قسم الصناعات الغذائية      9/ قسم الأسماك والأحياء المائية.

        في عام 1995م اكتملت الفرق الأربع بالكلية وذلك بعد اتاحة الفرصة للحاصلين على درجة البكالوريوس وفي عام 1994 تم قبول أول دفعة من الطالبات الحاصلات على الدبلومات الوسيطة للتصعيد لدرجة البكالوريوس . 

   في العام 1997 م تم تشكيل لجان علمية من أساتذة الكلية ومن خارج الكلية لمراجعة النظام التعليمي بالكلية اقساما ومناهجا حيث خلصت اعمال هذه اللجان الي تعديل اقسام ومناهج الكلية باعتماد نظام الخمس سنوات بدلا عن نظام التخصص المبكر( الاربع سنوات ). وعليه تم تعديل اسماء بعض الاقسام واضافة تخصصات جديدة وحذف اخري لتتوافق مع هذا النظام الذي يمنح بكلاريوس الشرف في خمسة سنوات علي ان يدرس الطلاب في جميع التخصصات الفرقة الاولي والثانية والفصل الدراسي الخامس في الفرقة الثالثة بصورة  مشتركه حيث يبدأ التخصص في الفرقة الثالثة (الفصل الدراسي السادس) وقد تم تعديل الاقسام تحت الاسماء التالية :1/ قسم الانتاج الحيواني                  2/ قسم علوم وتقانة الاغذية   3/ قسم علوم المحاصيل (تخصص المحاصيل الحقلية وتخصص المحاصيل البستانية)

4/ قسم الاقتصاد الزراعي والتنمية الريفية        5/ قسم زراعة المناطق القاحلة والصحراوية 6/ قسم إعمار المنظر الطبيعي          7/ قسم إنتاج الدواجن         8/ قسم وقاية المحاصيل

9/ قسم الاسماك والاحياء المائية (مجمدة الدراسة به حالياً).